1988年元月13日蔣故總統經國先生逝世，隨後馬祖軍政首長商議在馬祖設立經國先生紀念館，最終選定於勝利水庫西側山丘上興建，1994年6月完工開幕。
紀念園區前方牆上為經國先生視察軍民防務的浮雕，主建築色彩上參考南京中山陵及台北中正紀念堂，採「藍瓦白牆」風格；結構參考國家戲劇院與國家音樂廳的形式，為仿古「歇山頂」宮殿建築；樓高二層，佔地約百坪，莊嚴中顯現出典雅。
紀念館一樓為經國先生坐姿銅像與遺囑，二樓則為文物史料，展示經國先生歷年視察馬祖防務的老照片，以及各類文書往來的手稿，值得一一回顧細覽，可說是馬祖40多年戰地歲月的精華呈現。