馬祖海上交通訂位購票系統
馬祖南竿、北竿、莒光、東引等島際交通船頻繁，相關船班資訊及購票請參考：馬祖海上交通訂位購票系統。
備註：航程時間半小時內船班不提供線上購票。
南竿福澳港<=>北竿白沙港
由南竿福澳港可搭船轉泊至各離島 : 北竿（白沙港）；東引（中柱港）；東莒（猛澳港）；西莒（青帆港）
南竿福澳港至北竿白沙港：每日
07:00、08:00、09:00、10:00、11:00、12:00、13:00、14:00、15:00、16:00、17:10
北竿白沙港至南竿福澳港：每日
07:30、08:30、09:30、10:30、11:30、12:30、13:30、14:30、15:20、16:30、17:30
航行時間約20分鐘。
單程票價：成人160元，，半票80元，縣民全票110元，團體票150元(20人以上團體)。
| 南竿福澳碼頭服務台 |
南北海運股份有限公司 0836-22193
大和航業股份有限公司 0836-22130
長億海運 0836-26169 |
| 北竿白沙碼頭服務台 |
南北海運股份有限公司 0836-55388
大和航業股份有限公司 0836-56599
長億海運 0836-26169 |
南竿福澳港<=>東引中柱港
臺馬之星
相關船班資訊請參考：新華航業網站
南竿福澳港至東引中柱港：
臺馬之星每週一、三、五、日從基隆開往馬祖，單日「先馬後東」、雙日「先東後馬」，請配合航班往返東引中柱港。
- 南竿前往東引：上午09:30開航，09:10以前在福澳港購買船票登船
- 東引前往南竿：上午06:30至07:00開航(依實際到港時間為準)，需前一日14:00-17:00購票，當日06:00前登船。
單程票價：經濟艙全票400元，半票200元，縣民全票350元，縣民半票175元。
聯絡電話：新華航業：02-24246868 (基隆)， 0836-26655 (南竿)， 0836-77555 (東引)， 連江航業：0836-25312
臺馬輪
相關船班時間資訊請參考：新華航業網站
臺馬輪單日上午08:30從南竿開往東引、雙日07:00從東引開往南竿。
- 南竿搭船：上午08:10以前在福澳港購買船票登船。
- 董引搭船：搭船前1日晚上在新華航業公司服務處購票。
單程票價：經濟艙全票400元，半票200元，縣民全票350元，縣民半票175元。
備註：若臺馬輪停航，將會由東海明珠或南北之星代開，請留意本站航班公告。
連絡電話：新華航業：02-24246868 (基隆)， 0836-26655 (南竿)， 0836-77555 (東引)， 連江航業：0836-25312
南竿福澳港<=>東莒猛澳港、西莒青帆港
南竿福澳港->東莒猛澳港、西莒青帆港：
福澳港開船時間為07:00、11:00、14:30 每天3班
單月為先西(莒)後東(莒)：南竿福澳港(35-50分鐘)->西莒青帆港(15分鐘)->東莒猛澳港 (35-50分鐘)->南竿福澳港
雙月為先東(莒)後西(莒)：南竿福澳港(35-50分鐘)->東莒猛澳港(15分鐘)->西莒青帆港 (35-50分鐘)->南竿福澳港
從南竿福澳港到東莒猛澳港或西莒青帆港航程約為50分鐘，東、西莒之間航程約10分鐘。
單程票價：全票NT250元，半票NT125元，縣民全票200元，縣民半票100元。
東莒猛澳港、西莒青帆港->南竿福澳港：
開航時間為南竿各航班加50分鐘，首班船請於07:30前至東莒或西莒碼頭櫃臺購票；末班船請於15:00前往東西莒碼頭櫃臺購票
單程票價：全票NT250元，半票NT125元
備註：
- 開放2個月內電話訂位。
- 縣民半票：設籍連江縣滿6歲而未滿12歲之兒童。
- 免費票：(1)設籍莒光鄉戶籍滿3年之居民、(2)未滿3歲之兒童、(3)設籍連江縣年滿65歲(含)以上長者、(4)設籍連江縣未滿6歲之兒童、(5)設籍連江縣身心障礙者。
南北海運股份有限公司
聯絡電話：0836-22193 (南北之星+東海明珠)
補充資訊：
原則上單月為先西後東，雙月為先東後西，但以連江航業公佈的資訊為主，聯絡電話：0836-22503 , 0836-25312，航報語音查詢：0836-22500
東莒猛澳港<=>西莒青帆港
開航時間：每日4班，航程約10分鐘
西莒青帆港->東莒猛澳港：07:30、11:00、14:30、17:00
東莒猛澳港->西莒青帆港：07:40、11:10、14:40、17:10
西莒開航後，於東莒短暫停靠即駛返，建議乘客儘量提早到逹碼頭，以免錯過船班。
單程票價：全票80元，半票40元
莒光航業股份有限公司
連絡電話：0836-89121
離島直昇機
海上交通中斷時啓動。南竿往返東引、莒光每日最多3架次，第4架次以上需向交旅局申請核可。
南竿--東引：
- 每日僅一航班者：南竿11:00飛往東引、東引11:20返航南竿。
- 每日兩航班以上：依公告時間為準，每架次最少需有設籍當地居民4人使得飛航，當日不足人數十，則併入隔日飛行。(訂位時間08:00~17:00)
東引票價：設籍馬祖民眾1200元、非設籍馬祖民眾3000元。
莒光票價：設籍馬祖民眾800元、非設籍馬祖民眾2000元。
（2歲以下免費、65歲以上及身心障礙者半票優待）
凌天航空聯絡（訂位）電話：
(南竿) 0836-25001／0836-25191、(東莒)0836-89018、(西莒)0836-89199、(東引)0836-77190