島際往來交通
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馬祖島際交通以渡輪為主，各島設有港口作為聯繫據點，包括：南竿福澳港、北竿白沙港與橋仔港、東引中柱港、東莒猛澳港與西莒青帆港。旅客可透過「馬祖海上交通訂位購票系統」查詢與預訂船票，但部分半小時內的短程船班無法線上購票，建議至現場辦理。
船班時刻會隨季節與天候調整，夏季旺季增班，冬季則減班。遇風浪或濃霧等情況可能延誤或停航，建議出發前查詢最新官方公告為準。假期與暑期應提早訂票，以確保搭乘順利。
約 20 分鐘
成人｜160元半票｜80元
縣民全票｜110元
團體票｜150元 (20人以上團體)
南北海運、鴻宇海運船班資訊
根據季節和需求，會有固定的渡輪班次從福澳港（南竿）前往白沙港（北竿），夏季和假期期間，船班可能會增加。
南竿→北竿：07:00、07:30、08:00、08:30、09:00、10:00、11:00、11:30、12:30、13:30、15:00、16:00、16:30、17:10、17:30
北竿→南竿：07:00、07:30、08:00、08:30、09:30、10:20、11:00、11:30、12:00、13:00、15:20、16:00、16:30、17:10、17:30
約 50 分鐘 成人｜250元半票｜125元
縣民全票｜200元
南北海運船班資訊
每日 3 班往返。
南竿→莒光：07:00、11:00、14:30
西莒→南竿：單月：07:50、11:50、15:20｜雙月：08:10、12:10、15:40
東莒→南竿：單月：08:10、12:10、15:40｜雙月：07:50、11:50、15:20
單月(先西後東)：南竿(35-50分鐘)->西莒(15分鐘)->東莒 (35-50分鐘)->南竿
雙月(先東後西)：南竿(35-50分鐘)->東莒(15分鐘)->西莒 (35-50分鐘)->南竿
- 船班資訊以連江航業公佈的資訊為主，聯絡電話：0836-22503 , 0836-25312，航報語音查詢：0836-22500
- 首班船請於07:30前至東莒或西莒碼頭櫃臺購票；末班船請於15:00前往東西莒碼頭櫃臺購票。
- 南北海運股份有限公司聯絡電話：0836-22193 (南北之星+東海明珠)
約 10-15 分鐘 成人｜80元半票｜40元
莒光航業船班資訊
每日 4 班往返。
西莒→東莒 07:30、11:00、14:30、17:10
東莒→西莒 07:40、11:10、14:40、17:20
- 西莒開航後，於東莒短暫停靠即駛返，建議乘客儘量提早到逹碼頭，以免錯過船班。
- 莒光航業股份有限公司連絡電話：0836-89121
約 2 小時 成人｜400元半票｜200元
新臺馬輪、臺馬之星船班資訊
每日1-2 班（視淡旺季調整）
南竿→東引：單日由臺馬之星於上午08:30開航，雙日由新臺馬輪於上午09:30開航。
東引→南竿：單日由新臺馬輪於上午06:30開航，雙日由臺馬之星於上午07:30開航。
- 當新臺馬輪或臺馬之星於檢修無法開航時，將由東海明珠或南北之星替代，開航時間請留意臨時航班公告。
約 40 分鐘 成人｜400元縣民票｜230元
優惠票｜200元（滿3歲而未滿12歲之兒童、65歲以上及身心障礙者）
保險票｜40元（3歲以下）
鴻宇海運船班資訊
4、9月，每日 1 班次（視淡旺季調整）
南竿→大坵：09:30
大坵→南竿：11:40 大坵 → 12:10 北竿 → 12:30 南竿
5、6、7、8月，每日 2 班次（視淡旺季調整）
南竿→大坵：09:30、13:30
大坵→南竿：11:40 大坵 → 12:10 北竿 → 12:30 南竿｜15:40 大坵 → 16:10 北竿 → 16:30 南竿
- 預約電話：0836-23255
- 航行限制：未達7人不開航，陣風9級時停航、8級視海象決定。
約 10 分鐘 全票｜300元北竿鄉民｜200元
大坵2號、崴盛號、梅花公主號船班資訊
每日 2 班（視淡旺季調整）
北竿→大坵：08:30、14:30
大坵→北竿：10:30 、16:30
- 預約電話：大坵2號0937-896835（兩人就開航）、崴盛號0981-373840、梅花公主號0965-649046
- 航行限制：未達7人不開航，陣風9級時停航、8級視海象決定。
- 除固定航班外，亦有小船業者提供的不定期航班（只需兩人以上就開航，遊客登島1小時30分之後返航）。
約 10 分鐘 設籍｜東引1200元、東莒800元非設籍｜東引3000元、東莒2000元
（2歲以下兒童免費、65歲以上及身心障礙者半票優待）
凌天航空船班資訊
南竿⭤東引：每日僅一航班者：南竿11:00飛往東引、東引11:20返航南竿。
南竿⭤東莒：依航空公司公告時間為準。
每日兩航班以上：依公告時間為準，每架次最少需有設籍當地居民4人使得飛航，當日不足人數十，則併入隔日飛行。(訂位時間08:00~17:00)
- 海上交通中斷時啓動。
- 南竿往返東引、莒光每日最多3架次，第4架次以上需向交旅局申請核可。
- 凌天航空聯絡（訂位）電話：(南竿) 0836-25001／0836-25191、(東莒)0836-89018、(西莒)0836-89199、(東引)0836-77190
- 海象不佳船班停駛始開放民眾申請。
