馬祖的歷史相傳起源於宋朝，福建省東螺村有位漁民林愿之六女默娘，個性賢淑、孝順；一日父親出海捕魚時不幸罹難，默娘痛不欲生，投海尋父，卒負父屍漂流至南竿島，鄉人感念其孝行，厚葬立廟祭祀，尊稱為媽祖，並以其名作為列島總名以示紀念。至於「媽祖」如何變成「馬祖」，普遍則有兩種說法，一說是為避媽祖名諱，乃改為「馬祖」，另一說則是軍管時期，軍方認為「媽祖」無法突顯出戰地前線精神，故去「女」字邊，增加剛猛之氣。
馬祖最早的遺跡出現在東莒，鑑定為新石器時代的文物，南竿、東引等地也曾採集到宋、元時期的生活用品，如陶、貝等，具體的事蹟則記錄在南竿仁愛村（昔稱鐵板）大王宮，石碑上寫著「林酉才喜捨中統鈔二十貫」，中統鈔是元世祖時流通的貨幣，由此推斷南竿當時已有聚落形成。
清朝嘉慶年間，連江縣居民看中馬祖島嶼豐富的漁產資源，離鄉背井移民於此，1911年又一波移民自福建長樂縣渡海定居，為便於捕漁作業，以灣澳為原點，發展出一澳一村的聚落模式，也為島上帶來閩東文化及信仰，馬祖地區在原來文化架構下遂逐漸發展出屬於自己的特色。
軍事歷史
馬祖南、北竿自古以來本非軍事重地，北宋年間才駐紮官兵，及至明代，明太祖朱元璋統一福建後，曾於上、下竿塘設置「埠寨」，撥官兵駐防。
1949年，國民政府遷臺，東海部隊轉進馬祖列島，1956年7月成立「馬祖戰地政務委員會」，馬祖地區被劃入行政督導區，實施軍政一元化治理，自此馬祖全區進入30餘年之軍事管制時期，隨處可見結構複雜的軍事建築、地下坑道及港口、據點、砲座、訓練場所、軍醫院等軍事設施，爾後金馬成為前線地區，使馬祖增添許多軍事色彩。
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