馬祖土壤貧瘠，多裸露地，歷經軍民大力栽種植林後，今日馬祖除了岩壁島礁之外，都有植被覆蓋。當時造林的主要樹種有相思、木麻黃、銀合歡等，映照著過去駐防阿兵哥的心情寫照。
此外，因為地理位置較接近中國大陸，兼有著海島與大陸的特性，孕育出許多獨特的動植物物種，如：圓蓋陰石蕨、黑足鱗毛蕨等隨處可見，且因島嶼特性而逐漸演化而成的原生特有種，如馬祖石蒜、馬祖紫檀與馬祖野百合等以馬祖來命名的植物。常見的野花如裂葉月見草、長萼瞿麥、蔓荊等在山坡與海灘遍地綻放，妝點馬祖四季容顏，甚是美麗。
馬祖附近有許多洋流交匯，漁產豐富，海濱海洋動物種類極為豐富，海中的黑鯛、石斑、鱸魚等，是釣友們最期待的挑戰；沙灘最常見的痕掌沙蟹、花蛤，礫灘的海瓜子、歧紋簾蛤，岩壁縫中的龜爪、藤壺等等豐富的生物群相，更是令人目不暇給。而列島海域中豐沛的海產，吸引的可不只有各地的老饕們，也是飛翔天空的海鳥們的覓食寶地，鯷魚、鯡魚等小型魚類是牠們主要的食物來源。
生態旅遊
生態旅遊為「一種在自然地區所進行的旅遊形式，強調生態保育的觀念，並以永續發展為最終目標」。
馬祖是一個生態旅遊資源非常豐富的地方，土地面積雖然不大，氣候影響許多交通的方便性，但馬祖的地景、植物生態、鳥類生態、戰地風情以及閩東的文化，都非常具有特色。雖然由於交通的因素目前無法提供大量的大眾旅遊，但是以生態旅遊方式瞭解馬祖、欣賞馬祖，則是非常適合的旅遊方式。
到馬祖進行生態旅遊活動，您可以瞭解馬祖保育類的黑嘴端鳳頭燕鷗、換錦花、紅花石蒜等石蒜科植物生態特色，以及花崗岩形成各種地表作用的地景獨特性。另外海洋生態資源，更是馬祖重要經濟資產。不論您是來到馬祖進行生態、地景欣賞，或是品嚐當地特有的海產，將會有很好的遊憩體驗外，也希望您可以一起來珍惜及保育馬祖當地生態、地景，讓這些資源可以給我們下一代一直保存下去。
進行生態旅遊時，建議行為措施如下：?
- 不敲打岩石、破壞岩石的完整性
- 不採集礦物及觸摸植物
- 放慢腳步，佇足欣賞，享受大自然美景
- 馬祖海洋生態雖然豐富，但不宜大量的採集與捕撈
- 賞鳥期間，攝影閃光及外來聲音與舉動，皆會影響鳥類的日常生活，所以賞鳥時務必保持輕聲細語，並禁止餵食鳥類與丟棄垃圾
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賞鷗船上使用望遠鏡觀賞
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賞鷗船上使用望遠鏡觀賞