三連嶼は三つの島嶼が密接に繋がっているために、この名前が付けられました。各島の外観、色彩にはそれぞれ特色があり、「一級の地質景観」と称せられています。
さらに馬祖列島は東南アジアにおける渡り鳥の中継地点で、2000年5月には農業委員会が東引郷の雙子礁，北竿郷の白廟、中島、鉄尖、三連嶼，南竿郷の進嶼、瀏泉礁、および莒光郷の蛇山など、8つの無人島を「馬祖列島アジサシ保護区」に指定しました。ここでは主にマミジロアジサシ、エリグロアジサシ、ベニアジサシ、オオアジサシ、ウミネコ、エグレッタ・サクラ、アマツバメの7種類が保護されています。