馬祖で最初のインタラクティブな自然遺産生態主題館です。もともとは水産試験所だった場所で、のちに藍眼涙生態館となりました。海洋大学の夜光虫培養技術を取り入れ、現在、「藍眼涙(暗闇で青く光る夜光虫の一種）」の培養を進めています。ここでは馬祖の生態を静態展示で紹介するほか、4D環境シミュレーションを用いて、行楽客の方がその場にいるような感覚を体験できる設備を提供しています。季節に関係なく、「藍眼涙」をインタラクティブに体験できます。
入場方法：
予約制を採用。その場でキャンセル待ちを受け付けます。参観の質を維持するため、毎回参観者数は30人までとしています。入場券を購入してください。